Nació en Olmedo, España, en 1516, y murió en Panamá el año 1556, afectado por la fiebre amarilla. Sólo se sabe que sus padres fueron Francisco de Mercado e Isabel de Alderete, y no se conocen mayores datos de su infancia y adolescencia. Llegó a América en 1535 y se dirigió al Perú; participó en las expediciones que exploraron el Gran Chaco, sirviendo bajo las órdenes de Diego de Rojas (1539). El objetivo de esta empresa era sentar el dominio hispano en esa región, para facilitar las comunicaciones con la ciudad de Asunción del Paraguay, fundada por Juan de Ayolas en agosto de 1536.
Las expectativas no eran lisonjeras, pues Ayolas y 200 de sus hombres habían muerto a manos de los indígenas en 1537. Por alrededor de un año, los exploradores recorrieron el territorio sin resultados provechosos: los bosques eran prácticamente impenetrables, los ríos se desbordaban dificultando el avance, y los naturales asediaban constantemente a los conquistadores. Pero así y todo, lograron llegar al río Pilcomayo. Perdidas las esperanzas, Rojas y sus hombres emprendieron el camino hacia Tarija, desde donde salió a su encuentro otro de los futuros conquistadores de Chile, Francisco de Aguirre. Unidos se sumaron a la empresa de Pedro de Valdivia (abril de 1540), de quien fue un leal colaborador. A la muerte de aquel, fue designado Gobernador de Chile por el Rey Carlos V, pero no asumió debido a que falleció antes de hacerlo
Primeras tareas
En Chile, Gerónimo de Alderete se distinguió como uno de los personajes más cercanos a Pedro de Valdivia, por lo que asumió el cargo de regidor en el Cabildo de Santiago y también el de tesoro, es decir, custodio de los dineros provenientes de los impuestos que se cobraban.
En 1544, Alderete participó en la expedición marítima de Pedro de Valdivia envió al Estrecho de Magallanes a bordo de la nave llamada San Pedro, al mando de Juan Bautista Pastenes. Recorriendo las costas, los expedicionarios llegaron hasta los 41° de latitud sur, a una bahía que bautizaron con el mismo nombre de su nave. Luego enfilaron la proa hacia el norte, debido a la imposibilidad de llegar al destino asignado por el Gobierno de Chile.